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Il convento fu fondato tra il 1324/30 verosimilmente da frati catalani. La primitiva chiesetta corrispondeva alla seconda campata (entrando) dell'attuale chiesa gotico catalana terminata nel 1364 (ma che ebbe innesti rinascimentali rilevanti tra facciata e presbiterio in seguito al crollo della parte centrale nel 1593). Dotata di numerosa comunità nei secoli XV-XVIII, fu sede di studi nel '700/'800, fornendo missionari al Medio Oriente nell'800. La chiesa fu strettamente legata con la vita della città: qui aveva sepoltura la nazione catalana, qui nacque e si sviluppò per un secolo la Confraternita del Rosario (1568- 1661); ad essa, presso l'altare della Visitazione, venivano annualmente per voto i magistrati della città dopo la peste del 1582-83.
Nel 1863 il convento fu incamerato dal Governo italiano, mentre i religiosi continuarono ad officiare la chiesa sino al 1880. Ritornati ad Alghero i religiosi nel 1940, la chiesa e il convento da allora sono stati centro di una vivace vita religiosa e associazionistica (OFS, GiFra, M.I., Scout, Masci, messa domenicale in catalano), culturale (chiostro sede di mostre e concerti, salone ricercato anche per convegni nazionali e internazionali), e di accoglienza dei turisti (una parte del convento, in linea con una tradizione che risale almeno all'Ottocento, è loro riservato).
Notevole è stata nel 1990, nell'ambito della Gifra ma con coinvolgimento di altri gruppi, la creazione dell'associazione di volontariato Arca Francescana che offriva spazi socio-educativi e attività di sostegno scolastico a bambini e ragazzi del centro storico della città (associazione scioltasi nel 2009). La comunità è stata polo di attività ora cessate: la cappellania e assistenza alle Clarisse (1965-76), il servizio iniziale alla nascente parrocchia del Rosario (1966- 67), la messa domenicale in inglese per i turisti (anni ‘70), il servizio pastorale ai turisti nella chiesa di Tramariglio (1973-79). (www.francescanisardegna.it)